Столкнулся с проблемой неработающих ЧПУ на Apache2/Ubuntu 12.04 LTS.
При переносе Prestashop обнаружились неработающие ссылки. Проблема не решилась чисткой кэша, пересозданием .htaccess.
Проблема была в строке конфигурации веб-сервера в секции Directory.
AllowOverride All
Эта директива может быть установлена в None, т.е. чтобы сервер не читал файл .htaccess. Если она установленна в All - сервер будет допускать все директивы .htaccess файла.
Решение такое: