Процесс gvfs-metadata является часть графической системы Gnome/Mate и занимается тем что собирает какие-то данные, например свойства файлов, сохраняет состояние, например, рабочего стола, настройки окон Nautilus/Caja.
В некоторых случаях он дает сбой по какой-то причине и начинает грузить процессор на 100%, забивать своими файлами место на диске или, как в моем случае, начал занимать очень много оперативной памяти.
При помощи программы iotop можно посмотреть кто активно работает с диском, очень часто лидером оказывается именно этот процесс.
Я пытался найти какое-то решение и везде где было упоминание подобной проблемы предлагали убивать процесс и чистить его файлы.
Убиваем процесс:
Очищаем файлы:
Поскольку я очень редко перезагружаю компьютер, до перезагрузки меня эта проблема не будет беспокоить.
Этому багу уже несколько лет.