Такая ошибка возникла при попытке развернуть сайт на серевере Ubuntu 12.04 LTS, Apache2, PHP5.
Проверил конфиги в /etc/apache2, /etc/cgi, /etc/cli. Везде было закомментировано open_basedir. Если ставить none или прописать путь /var/www, то ничего не менялось.
Нашел рекомендацию проверить то же в /etc/apache2/conf.d/secure.conf. Оказалось проблема была именно тут, вместо пути стояла точка (.). После замены на /var/www заработало нормально.