Абсолютно одинаковые файлы вели себя по-разному а именно, один запускался а другой нет и в логах попадались ошибки: "end of script output before headers". Не помогала даже установка прав 777.
Конфигурация окружения: Ubuntu 16.04, Apache2 и cgi-bin.
Нужно обязательно проверить какие переводы строк. Ошибку вызывает файл именно с переводом строк windows.
Посмотреть это можно в Sublime, Windows Notepad лучше не использовать, может некорректно показать.
Вызовет ошибку:
Будет работать:
